Una volta installato correttamente, si potrà agire nella schermata di configurazione, per settare in maniera corretta parecchie impostazioni, salvando i file di configurazione all'interno della directory /home dell'utente. Per accedere al pannello di controllo, è necessario utilizzare il comando winecfg, avviando in questa maniera una finestra di dialogo ricca di parametri da impostare, ora andiamo a vedere le schede dei parametri pù importanti: