Come creare modelli tridimensionali di molecole con Kalzium

tramite: O2O
Difficoltà: facile
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Introduzione

Creare modelli tridimensionali di molecole, fino a qualche anno fa, era possibile solo se si lavorava in grandi studi e/o si aveva la disponibilità economica per poter acquistare dei PC con grandi schede grafiche e con dei software appositi. Grazie alla modernizzazione ed alla crescita della tecnologia, adesso tutti possono cimentarsi, basta avere delle conoscenze in chimica più o meno approfondite (dipende da cosa bisogna graficare). Kalzium è un potente software gratuito per lo studio della chimica. Tra le molte funzionalità di questo programma vi è anche la possibilità di creare un modello tridimensionale delle molecole che ci interessano, utilizzando il motore Avogadro. Oltre a poter modellare direttamente la molecola è anche possibile caricare i modelli messi a disposizione da altri utenti online.

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Occorrente

  • Ambiente grafico KDE
  • Kalzium installato
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Lancia Kalzium. All'avvio il programma ti presenta la tavola periodica deglli elementi. Per aprire il tool di modellazione tridimensionale devi cliccare sulla voce Molecular Editor (oppure Editor di Molecole nella versione italiana). La finestra che si apre è suddivisa in due sezioni: la sezione di destra mostra il modello della molecola che stai creando mentre nella parte di sinistra trovi tre schede che contengono gli strumenti di visualizzazione (display), quelli per creare il modello (edit) ed i tool per effettuare misurazioni (measure).

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Nella parte di sinistra clicca sulla scheda Edit (Modifica). Hai ora a disposizione l'elenco di tutti gli elementi della tavola periodica: scegli dall'elenco a tendina l'atomo che vuoi inserire. Cliccando nella sezione di destra inserisci un singolo atomo dell'elemento che hai scelto mentre cliccando e trascinando puoi inserire una coppia di atomi collegati. Se vuoi modificare il legame tra due atomi, clicca sul legame stesso per aumentare di uno il numero di elettroni in condivisione tra i due atomi. Per eliminare un legame oppure un atomo clicca con il tasto destro del mouse.

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Mentre modelli la molecola puoi anche essere poco ordinato infatti cliccando sul tasto Optimize (Ottimizza) provvede Kalzium a riposizionare gli atomi. Puoi anche aggiungere automaticamente gli atomi di Idrogeno tramite l'apposito tasto Add Hydrogens (Aggiungi Idrogeno). Per regolare lo zoom devi utilizzare la rotellina del mouse, mentre per ruotare la visuale puoi adoperare i tasti freccia della tastiera.  

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Consigli

Non dimenticare mai:
  • Assicurati di aver bilanciato bene i legami tra gli atomi prima di lanciare l'aggiunta automatica dell'Idrogeno.
  • Kalzium funziona solo in ambiente KDE, quindi devi installare anche KDE se vuoi utilizzarlo su Windows.
  • Se ti è sufficiente il modellatore di molecole e non vuoi installare tutto Kalzium, puoi installare il solo Avogadro.

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