A questo punto, si deve entrare nella directory "lnxbox1:~ # cd /usr/src/linux" e digitare "lnxbox1:~ # cd /usr/src/linux# make mrproper". Questa è la procedura richiesta per eliminare i collegamenti con la versione precedente. Per scegliere le opzioni da includere nel nuovo kernel, bisogna digitare, come utente root, la seguente frase: "lnxbox1:/usr/src/linux# make config". Questo consentirà di includere, in maniera interattiva, le preferenze. Per tale operazione, come già specificato nell'introduzione di questa guida, è preferibile informarsi sulle varie tipologie dei menu di configurazione, visto che non sono infrequenti possibili errori che possono compromettere la funzionalità dell'intero sistema.