Dopo aver installato il programma, potremo iniziare con la procedura utile a nascondere loghi, scritte e volti nei video con Avidemux. Prima di tutto dobbiamo caricare il video in cui nasconderemo i suddetti elementi. Dalla schermata principale di Avidemux andremo a selezionare la sezione "File", da cui avremo modo di cliccare sul comando "Open". Scegliamo ora la codificazione per il nostro file video, che generalmente è MPEG-4 ASP (o Xivd), la più versatile di tutte. A questo punto cliccheremo sul pulsante del formato che assegneremo al nostro video, ad esempio AVI. Portiamoci ora nella sezione con dicitura "Video". Da qui dovremo fare click sull'opzione "Filters". Vedremo comparire una finestra che si chiama "Video Filter Manager". Al suo interno troveremo la voce "Miscellaneous", da cui sceglieremo il filtro MPlayer. Dalla finestra di modifica, avremo l'opportunità di lavorare sulla mascherina che nasconderà logo, volto o scritta nel nostro video. I parametri su cui intervenire sono i tasti X e Y e i valori di Width e Height, che determinano le dimensioni della mascherina.