Più precisamente, l'indirizzo puntato dal Program Counter non è propriamente quello dell'istruzione successiva da eseguire, ma dell'istruzione da prelevare in memoria. Un altro registro importante in Assembler è lo Status Register, che mantiene lo stato della CPU, in modalità utente o amministratore. Altri registri particolari sono i registri General Purpose, che servono semplicemente a mantenere i valori utili per l'elaborazione. Fondamentali, specie nelle operazioni cicliche, risultano essere i registri dei flag, che mantengono un particolare stato del processore, e si riassumono essenzialmente in registro dello zero, se lo stato di un'istruzione ha prodotto risultato 0, oppure il registro negative, che va ad uno, se il risultato di un'operazione ha dato numero negativo. Ogni istruzione può cambiare lo stato dei registri di flag, di conseguenza è importante tenerlo a mente, perché essi vengono utilizzati specialmente per i cicli e i salti condizionati.
