A questo punto la seconda operazione da fare e come già accennato in precedenza, è di installare sul computer il programma facendo subito dopo una nuova scansione del sistema, così da trovare e verificare i componenti che sono stati aggiunti. ThinApp adesso raccoglierà tutti i file inseriti, così da poter configurare e costruire una versione portable del suddetto software. Tuttavia è importante sottolineare che tra la prima e la seconda scansione del sistema, bisogna effettuare solo l'installazione del programma che si vuole rendere portable, e non aggiornare o installare altri software, altrimenti potrebbero entrare in conflitto e vanificare l'operazione. Inoltre se intendiamo aggiungere a completamente del primo anche altri software, è sufficiente ripetere per ognuno la stessa procedura.