Il funzionamento di MEGA è molto semplice. Per prima cosa, aprire la schermata principale del programma, selezionare la lingua italiana e premere sul tasto rosso con scritto MEGA. Dopodiché bisogna selezionare il file da caricare, sempre tenendo conto del limite di 50 GB; una volta caricato il file al 100%, è possibile scegliere la destinazione del file in questione, quindi, se condividerlo o meno.
Per condividere il FILE appena caricato, basta semplicemente cliccare col tasto destro del mouse sul nome del file, ottieni link e da qui sarà possibile associare una key in modo tale da criptare il file; è possibile anche distribuire il codice o key in maniera separata dal file, caricando per esempio su MEGA, un file tel tipo txt, con all'interno scritto il codice.