Un altro sistema valido per convertire i pdf in azw3, è utilizzare Calibre. È un programma gratuito e open source, ottimo per la gestione degli ebook. Installando Calibre, infatti, si potrà lavorare in modalità offline e soprattutto su lunghi elenchi di libri elettronici. Il programma è rilasciato con licenza GPL ed è multipiattaforma. Gestisce bene un'intera libreria digitale e offre numerose funzionalità di esportazione, ottimizzazione, editing di tutti i possibili formati. Riconosce un gran numero di dispositivi elettronici e consente di sincronizzare la libreria presente sul computer con quella del proprio E-reader.
Con Calibre è sufficiente aggiungere il libro alla libreria, premere il pulsante Converti, scegliere l'output e poi trasferire il testo al dispositivo connesso al pc.