Per creare un Nuovo Progetto ci si deve recare su "Project/New project", si aprirà, quindi, una finestra in cui scegliere la destinazione di salvataggio del file di progetto. Una volta salvato, il progetto apparirà nella sidebar a sinistra del programma. Per creare nuovi file nel progetto è sufficiente cliccare con il tasto destro sul suo nome, poi "Add/New file" e creare un nuovo file. Questa procedura deve essere eseguita ogni volta che si voglia aggiungere un file al futuro sito web. Quando il sito sarà ultimato, sarà sufficiente andare su "File/Save as other/Remote file" e poi selezionare il dominio precedentemente impostato su Komodo e poi "Save".