Le schede madri possono avere formati differenti, dai quali dipendono dimensioni, posizione delle viti, spazio per slot RAM e di espansione, e di conseguenza la compatibilità con un case. Ideato nel 1995, ATX è divenuto negli ultimi 10 anni il formato più utilizzato, e quindi è quello più comunemente riscontrato nei comuni PC di casa. Meno diffusi sono invece i formati EATX, una versione un po' più grande di ATX destinata al mercato enthusiast, e microATX, una versione invece più piccola che spesso rappresenta una versione ridotta e più economica della controparte ATX, trovata spesso nei PC preconfigurati in vendita nei centri commerciali. Un altro formato del tutto differente ma che gode di un discreto successo è il Mini-ITX, caratterizzato da componenti posizionati ad alta densità e che consumano meno corrente, generando meno calore e rendendolo lo standard ideale per mini-PC da ufficio o da salotto.